Il Liceo Vittoria Colonna- come annota Mario Salmi in Civiltà artistica della terra aretina- ha sede in un edificio sorto dalla trasformazione dell'ex monastero femminile di Santa Margherita. Questo monastero venne fondato agli inizi del 1300 per le Suore terziarie francescane. Il monastero di Santa Margherita è ritratto nel particolare dell'affresco, appartenente al ciclo della Leggenda della Vera Croce nella Basilica di San Francesco ad Arezzo, sulla parete sinistra di Cappella Bacci, ritraente la  Veduta di Arezzo, dove Piero della Francesca illustra il ritrovamento delle croci di Gesù e dei ladroni da parte dell'Imperatrice Elena. Tale dipinto è un omaggio ad Arezzo, ma, per la nostra scuola, fornisce la testimonianza di come a metà Quattrocento il Monastero di Santa Margherita, alla luce della testimonianza del Vasari nelle Vite, fosse un centro religioso di grande importanza e al contempo comprova- come riferisce Angelo Tafi in Immagine di Arezzo - che esso è la struttura originaria del nostro Liceo, che è il più antico e monumentale della città di Arezzo.
 

Agli inizi del 1500, sia per fronteggiare una crisi di vocazioni e sia per ragioni economiche, tutti i monasteri aretini di Clarisse (escluso quello di S. Chiara Novella da poco fondato), furono soppressi e tutte le suore furono trasferite nel monastero di S. Margherita, allo scopo ampliato e trasformato. E' in questo periodo (inaugurazione nel 1520) che venne costruito il chiostro, unica parte monumentale rimasta a testimoniare la suggestiva e semplice bellezza dell'antico Convento di Santa Margherita, che ospita oggi spesso mostre di arte ed esposizioni fotografiche, organizzate dal Liceo Vittoria Colonna. Nel 1583 il Visitatore come annota Angelo Tafi- trovò nel convento 66 suore e ne fissò il numero a 50 perché in più mancavano loro i mezzi per vivere. Lo stesso Visitatore ci dice che la chiesa era molto bella; aveva tre altari con sacre immagini e vi erano altre pregevoli opere d'arte. La più importante opera era una tavola  di Margaritone d'Arezzo, la Madonna col Bambino in trono, che, come testimonia Giorgio Vasari nelle Vite, era posta nel tramezzo della chiesa, oggi emigrata a Londra (National Gallery) dopo una delle due soppressioni degli ordini monastici. Sull'altare maggiore della chiesa era posta La Madonna col Bambino e santi  del Signorelli  conservato nel Museo statale d'arte medievale e moderna di Arezzo. Inoltre  sono esposte nel Museo di Arte Sacra di Arezzo la Nascita, la Presentazione al Tempio e lo Sposalizio della Vergine. Una Crocifissione del Margaritone, una Annunciazione di Domenico Pecori e un S. Michele Arcangelo del Bonci, sono andati persi. Inoltre l'importanza del Convento di Santa Margherita è testimoniata da Giorgio Vasari nelle Vite che racconta di avere affrescato, nel 1542, in una cappella dell'orto del convento, una Natività di Cristo. 
 

L’ex monastero femminile di Santa Margherita, che è la sede centrale del Liceo Colonna in via Portabuja, fu ristrutturato nel 1784:  ne è rimasta parte della struttura architettonica originale insieme a un lavabo con un affresco molto rovinato, forse opera di Filippo Lippi. E' citata da varie fonti l'esistenza di un affresco di Lorentino d'Andrea, S. Francesco che riceve le stimmate, in un'aula del piano superiore; probabilmente è stato ricoperto da intonaco: è, pertanto, nostra intenzione ricercarlo e portarlo alla luce! 
 

Nel 1872, per le accresciute esigenze dì cultura ed in considerazione che la scuola era quasi esclusivamente femminile, le autorità rinnovarono la vecchia Scuola Magistrale, trasformandola in Scuola Normale Femminile, con tre anni di corso; per i maschi che si volevano dedicare all'insegnamento, venne istituita una cattedra di Pedagogia presso la Scuola Tecnica Comunale. Con la costante crescita della popolazione scolastica, i vecchi locali di S. Piero risultarono insufficienti, per cui, a fine ‘800, si stabilì di trasferire la Scuola Normale in via Porta Buia nell'ex monastero di S. Margherita. Il convento di Via Portabuja, sede attuale del Liceo Colonna, restò disabitato o talvolta adibito ad abitazioni popolari, fino al 1896 quando si decise di trasformarlo in edificio scolastico. Studi, appalti e pratiche burocratiche fecero slittare l'inizio dei lavori ai primi del 1899, conclusi sotto la direzione dell'ing. comunale Umberto Tavanti, il quale, come si legge in una cronaca dell'epoca, "non solo ha mostrato la sua valentìa nell'adattare l'antico e quasi cadente fabbricato ai bisogni della Scuola Normale, ma ha dato prova della sua personalità artistica trasformandolo nel bellissimo edificio da tutti ammirato. Il convento di Via Portabuja, sede attuale del Liceo Colonna, restò disabitato o talvolta adibito ad abitazioni popolari, fino al 1896 quando si decise di trasformarlo in edificio scolastico. Studi, appalti e pratiche burocratiche fecero slittare l'inizio dei lavori ai primi del 1899, lavori che, sotto la direzione dell'ing. comunale Umberto Tavanti, si conclusero a fine 1899.
 

Nella primavera del 1900 la Scuola Normale, denominazione del Liceo Colonna di allora, ha occupato il locale della sede centrale di via Portabuja. Provvisto di due grandi cortili di accesso, di un prato soleggiato per la ricreazione, di un orto sperimentale per l'insegnamento dell'agraria, di aule ampie e luminose, e di un'aula magna per conferenze e feste scolastiche, può ritenersi uno dei migliori edifici scolastici del Regno". Nell'anno 1923-24, con la legge Gentile, la Scuola Normale diventa Istituto Magistrale; il corso di studi è sempre di tre anni ed i maschi tornano a riunirsi alle femmine. Nel 1940, a seguito della riforma Bottai, il corso di studi dell'Istituto Magistrale viene portato a quattro anni.  L'inaugurazione avvenne verso la metà del gennaio 1900.  L’ex convento di Santa Margherita, sede centrale del Liceo Colonna, resse alle ingiurie del tempo, ma non a quelle della guerra, rimanendo in gran parte distrutto dai bombardamenti del gennaio 1944 (rimasero miracolosamente illesi il chiostro e l'ex chiesa). La cappella dell'orto del convento, ove era presente una Natività di Cristo, affrescata da Giorgio Vasari nel 1542 fu invece distrutta. La segreteria si trasferì presso la scuola elementare di Santa Agnese, in via Pellicceria e le lezioni vere e proprie vennero sospese, anche se una certa attività scolastica continuò a Villa Sitorni, in località Piscinale presso Giovi. Passato la seconda Guerra mondiale, la scuola riprese il normale funzionamento, ma, in attesa della ricostruzione, le lezioni venivano tenute in vari ambienti della città, fra cui il Vescovado.

Dopo la distruzione dell’edificio per i bombardamenti della Seconda Guerra Mondiale, l’Istituto Magistrale Vittoria Colonna riprese le lezioni  in via Porta Buia nel 1948, dopo una fedele ricostruzione dell'edificio, ma non degli splendidi intonaci. Il dopoguerra trova il nostro istituto capace di un dignitoso progresso malgrado la confusione ed i tentennamenti che a livello dirigenziale continuarono a caratterizzare la formazione dei maestri; progresso che raggiunge il suo apice nel 1966/67 con un numero record di iscritti (834, di cui 109 maschi e 725 femmine); alla vigilia di quel 1968, anno di quella contestazione studentesca che ha trovato nel nostro istituto un'espressione particolarmente vivace.
 

Le sperimentazioni, figlie del vento riformatore sessantottino, trovano nel nostro istituto una adozione un po' tarda; solo nell'anno scolastico 1986/87, il preside Fisichella, assieme ad un gruppo di professori, in mezzo a difficoltà sia interne che esterne, riesce ad avere l'approvazione ministeriale per due maxi sperimentazioni quinquennali, una socio-pedagogica ed una linguistica, che risolleveranno le sorti di un Istituto Magistrale ormai in declino. Nel 1993 tali due sperimentazioni furono sostituite da due analoghe sperimentazioni del Piano Brocca. 

Nel 1999, dato il previsto obbligo di laurea per accedere all'insegnamento elementare, è stato abolito il "corso normale" dell'Istituto Magistrale, sostituendolo col quinquennale Liceo delle Scienze Sociali. Dal 2014, con la presidenza del dr. Maurizio Gatteschi, i corsi presenti nel nostro Liceo sono il Linguistico, il Linguistico EsaBac, il Linguistico GCE, le Scienze Umane e le Scienze Umane Opzione Economico, Digitale e Teatrale. L'ex convento di Santa Margherita, sede attuale del Liceo Colonna, è arrivato ai nostri giorni grazie a qualche stanziamento straordinario, che ha permesso di svolgere alcuni lavori di conservazione e di ristrutturazione e si sono potuti installare moderni laboratori di psicologia, di informatica, di lingue e di musica. Ma ancora il Liceo Vittoria Colonna necessita di finanziamenti per il restauro e la valorizzazione del suo edificio storico-monumentale.